На 21 декември 2018 г. Ръководителят на Управляващият орган утвърди актуализирано Ръководството за изпълнение на административни договори за предоставяне на безвъзмездна финансова помощ, съфинансирани от Европейския фонд за регионално развитие,  по приоритетна ос 1 „Научни изследвания и технологично развитие“ на Оперативна програма „Наука и образование за интелигентен растеж“ (ОП НОИР) като бяха нанесени редакционни промени, произтичащи от:

• Новата Наредба № Н-3 от 22.05.2018 г. за определяне на правилата за плащания, за верификация и сертификация на разходите, за възстановяване и отписване на неправомерни разходи и за осчетоводяване, както и сроковете и правилата за приключване на счетоводната година по оперативните програми и програмите за европейско териториално сътрудничество;
• Новият Регламент (ЕС, Евратом) № 2018/1046 г. на Европейския парламент и на Съвета за финансовите правила, приложими за общия бюджет на Съюза, за изменение на регламенти регламенти (ЕС) № 1296/2013, (ЕС) № 1301/2013, (ЕС) № 1303/2013, (ЕС) № 1304/2013, (ЕС) № 1309/2013, (ЕС) № 1316/2013, (ЕС) № 223/2014 и (ЕС) № 283/2014 и на Решение № 541/2014/ЕС и за отмяна на  Регламент (EС, Евратом) № 966/2012, който се прилага от 02.08.2018 г.
• Прилагането само на е-отчитане през ИСУН 2020;
• Прилагането на опростено отчитане на разходите.

Бенефициентите следва да имат предвид следните по-съществени допълнения и промени:

- Описани са стъпките, които се прилагат при пропорционално отчитане на възнаграждението по основен трудов договор, включително и новата възможност за опростено отчитане в съответствие с чл. 68а, параграф 5 от Регламент 1303/2013;

- Описани на условията, при които разходите за възнаграждения за ползван платен годишен отпуск са допустими по проекта;

- Посочени са новите стойностни прагове по чл. 20, ал. 1-2 от ЗОП, които се прилагат от 01.03.2019 г.;

- За да се ускори разглеждането на процедурите за възлагане на обществени поръчки, бенефициентите следва да попълват  ново Приложение № 20 Справка за възложени/планирани идентични или сходни доставки/услуги/СМР (попълва се само за поръчки, които се възлагат без обявление в Официален вестник на ЕС).

- Облекчава се попълването на секция 7. Екип от техническия отчет, като вече е допустимо да се въвежда информация за всеки месец (в поле дата се записва 01.месец.година), а не за всеки ден;

- За осигуряването на одитна следа и по-бързо верифициране на отчетените възнаграждения за всяка проектна дейност, по която са изплатени възнаграждения, следва да се попълва ново Приложение 10.1 (съответно Приложение 10.2 за възнагражденията на екипа за организация и управление). Попълнените приложения във формат EXCEL се прикачват към Финансовия отчет заедно с документите за плащане;

- Описани са документите, които ще се изискват при опростено отчитане на разходите (стандартна таблица за единица продукт; еднократни суми или проект на бюджет; финансиране с единна ставка).

Бенефициентът е длъжен да изпълнява проекта в съответствие с актуалната версия на Ръководството и приложенията към него.