Изпълнителната агенция изпълнява функциите на управляващ орган на Оперативна програма "Наука и образование за интелигентен растеж" 2014 – 2020 г. (ОП НОИР) и Програма „Образование“ 2021-2027 г. (ПО) с всички произтичащи от това задължения и отговорности съгласно националното законодателство и правото на Европейския съюз, което включва следните основни отговорности:
- Организиране на процесите по планиране, програмиране и изменение на програмите;
- Подготовка и обявяване на процедури за предоставяне на безвъзмездна финансова помощ, включително цялостна организация и координация на оценителния процес;
- Наблюдение и контрол на изпълнението на договори/заповеди за предоставяне на безвъзмездна финансова помощ и верификация на разходите, извършени от бенефициентите;
- Изпълнение функциите на секретариат на Комитета за наблюдение по ОП НОИР и на Комитета за наблюдение по ПО;
- Организиране, изпълнение и отчитане на мерките за информация и публичност по програмите;
- Управление на финансовите ресурси при съблюдаване на законосъобразното и целесъобразното разходване на паричните средства и ползването на активите;
- Съблюдаване функционирането на системите за управление и контрол, включително осъществяване на предварителен контрол за законосъобразност на всички документи и действия, свързани с финансовата дейност, преди вземане на решение за поемане на задължение и извършване на разходи;
- Отчетност и докладване, включително изготвяне и предоставяне на информация до контролните органи на програмите;
- Подготовка, управление и изпълнение на бюджетните линии за техническа помощ;
- Планиране и организиране обучението и развитието на персонала и повишаване на професионална квалификация на служителите на Агенцията.
Агенцията изпълнява функциите на Междинно звено по приоритетно направление 1 „Устойчиво развитие на националния капацитет за научни изследвания и иновации“ и приоритетно направление 2 „Стимулиране на международното научно сътрудничество и участието в рамковите програми на ЕС“ на Приоритет 1 „Устойчиво развитие на българската научноизследователска и иновационна екосистема“ на Програма „Научни изследвания, иновации и дигитализация за интелигентна трансформация“ (ПНИИДИТ) 2021-2027 г.
Агенцията изпълнява дейности и/или функции на Структура за наблюдение и докладване на инвестициите „Центрове за НТИМ и иновации в образованието (STEM центрове)“, „Модернизиране на образователна инфраструктура“, „Младежки центрове“, „Програма за ускоряване на икономическото възстановяване и трансформация чрез научни изследвания и иновации“ по стълб 1 „Иновативна България“ по Националния план за възстановяване и устойчивост на Република България, възложени с акт на министъра на образованието и науката.
Агенцията изпълнява и други дейности, произтичащи от задълженията по изпълнение, управление и контрол на програмни инструменти, подкрепящи науката и образованието, или възложени с акт на Министерския съвет или на министъра на образованието и науката.
