На 8 ноември 2018 г. Ръководителят на Управляващият орган утвърди актуализирано Ръководство за изпълнение на договори/заповеди за предоставяне на безвъзмездна финансова помощ по приоритетни оси 2 и 3 на Оперативна програма „Наука и образование за интелигентен растеж“ (ОП НОИР) като бяха нанесени редакционни промени, произтичащи от:

• Новата Наредба № Н-3 от 22.05.2018 г. за определяне на правилата за плащания, за верификация и сертификация на разходите, за възстановяване и отписване на неправомерни разходи и за осчетоводяване, както и сроковете и правилата за приключване на счетоводната година по оперативните програми и програмите за европейско териториално сътрудничество;
• Новият Регламент (ЕС, Евратом) № 2018/1046 г. на Европейския парламент и на Съвета за финансовите правила, приложими за общия бюджет на Съюза, за изменение на регламенти регламенти (ЕС) № 1296/2013, (ЕС) № 1301/2013, (ЕС) № 1303/2013, (ЕС) № 1304/2013, (ЕС) № 1309/2013, (ЕС) № 1316/2013, (ЕС) № 223/2014 и (ЕС) № 283/2014 и на Решение № 541/2014/ЕС и за отмяна на  Регламент (EС, Евратом) № 966/2012, който се прилага от 02.08.2018 г.
• Прилагането само на е-отчитане през ИСУН 2020;
• Прилагането на опростено отчитане на разходите.

Бенефициентите следва да имат предвид следните по-съществени допълнения и промени:

-  Описани са стъпките, които се прилагат при пропорционално отчитане на възнаграждението по основен трудов договор;

-  Описани на условията, при които разходите за възнаграждения за ползван платен годишен отпуск са допустими по проекта;

-  Посочени са новите стойностни прагове по чл. 20, ал. 1-2 от ЗОП, които се прилагат от 01.03.2019 г.;

-  За да се ускори разглеждането на процедурите за възлагане на обществени поръчки, бенефициентите следва да попълват  ново Приложение № 20 Справка за възложени/планирани идентични или сходни доставки/услуги/СМР.

-  Облекчава се попълването на секция 7. Екип от техническия отчет, като вече е допустимо да се въвежда информация за всеки месец (в поле дата се записва 01.месец.година), а не за всеки ден;

-  За осигуряването на одитна следа и по-бързо верифициране на отчетените възнаграждения за всяка проектна дейност, по която са изплатени възнаграждения, следва да се попълва ново Приложение 10.1 (съответно Приложение 10.2 за възнагражденията на екипа за организация и управление). Попълнените приложения във формат EXCEL се прикачват към Финансовия отчет заедно с документите за плащане;

-  Описани са документите, които ще се изискват при опростено отчитане на разходите (стандартна таблица за единица продукт; еднократни суми или проект на бюджет; финансиране с единна ставка).

Бенефициентът е длъжен да изпълнява проекта в съответствие с актуалната версия на Ръководството и приложенията към него.