Полученото от бенефициентите финансиране по оперативните програми на ЕС се третира като финансиране на разходи, а не се третира като финансиране, обвързано с цена на стока или услуга. Поради това данъчната основа на доставката/услугата не следва да се увеличава и не следва бенефициентът да издава фактура за авансовите, междинните и финалните плащания, а разходите се документират с първични, разходооправдателни, счетоводни документи.