Изпълнителна агенция „Програма за образование“ е второстепенен разпоредител с бюджетни средства към Министерството на образованието и науката. Изпълнителната агенция се управлява от изпълнителен директор, като управленската структура обхваща още заместник изпълнителен директор и главен секретар. Структурата включва една главна дирекция „Верификация“ с три отдела – „Техническа верификация“, „Контрол на външните възлагания“ и „Финансова верификация“ и пет дирекции – „Управление на риска и контрол“, „Програмиране, наблюдение и оценка“, „Подбор на проекти и договаряне“, „Финансово планиране, счетоводство и плащания“ (с два отдела „Счетоводство и плащания на Оперативната програма“ и „Счетоводство и плащания на Изпълнителната агенция“) и „Администрация и управление“.
